本所以訓練臨床醫師的研究技巧、深度及跨領域研究為主。以便從事臨床與基礎並重之轉譯醫學研究以解決重要的臨床問題。包括診斷及治療方法的改進與創新、熟稔臨床試驗設計與執行等，以達「醫師科學家」(Physician Scientist)

     以培育優秀的醫學科學家及其師資，並建立臨床醫學及基礎研究的橋樑。故根據培育兼具臨床及基礎研究能力之醫師科學家，

建立三大目標：

(一)利用科學方法及生物技術以診斷、治療及預防疾病；

(二)利用生物醫學的研究以了解正常與疾病之間的差異；

(三) 建立終生學習及研究的機轉。

發展以臨床應用為導向的基礎研究。

發展以臨床應用為導向之基礎科學教學。

增強醫師之研究技術及研究能力。

與中研院及國衛院策略聯合。
　

提升臨床各學科之研究能力及質量並重。

推動整體臨床醫學之發展與提昇國內醫療服務品質之目標。

紮實訓練過程並具備專業技能、臨床研究方法與實驗室研究方法。